Trong năm 2025, nhiều điểm mới trong quy định quản lý thuế đã chính thức được áp dụng, đặc biệt là ở khâu kiểm tra và xử lý vi phạm. Đối với các doanh nghiệp, việc nắm rõ quy trình kiểm tra thuế không chỉ giúp tránh rủi ro bị truy thu mà còn hỗ trợ xây dựng hệ thống kế toán minh bạch và vững chắc ngay từ bên trong.
Bài viết dưới đây sẽ giúp bạn hiểu rõ toàn bộ quy trình kiểm tra thuế từ khâu chuẩn bị đến sau kiểm tra, các điểm mới trong quy định năm 2025 và cách doanh nghiệp nên ứng phó hiệu quả với từng bước trong quá trình này.
Theo Luật Quản lý thuế hiện hành, cơ quan thuế có thể thực hiện kiểm tra tại doanh nghiệp theo kế hoạch định kỳ, kiểm tra đột xuất hoặc dựa trên các dấu hiệu nghi ngờ về kê khai sai, chậm nộp hoặc gian lận thuế.
Một số tình huống phổ biến doanh nghiệp có thể bị đưa vào diện kiểm tra thuế gồm:
Nộp hồ sơ khai thuế chậm, sai sót nhiều lần
Có biến động bất thường về doanh thu, lợi nhuận
Có hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) với số tiền lớn
Bị tố cáo hoặc khiếu nại liên quan đến nghĩa vụ thuế
Khi có quyết định kiểm tra, cơ quan thuế sẽ gửi thông báo bằng văn bản ít nhất 3 ngày trước khi đến doanh nghiệp.
Chi tiết quy trình kiểm tra thuế mới nhất bao gồm các bước sau:
Thông báo và chuẩn bị: Cơ quan thuế gửi thông báo ghi rõ nội dung, thời gian và phạm vi kiểm tra. Doanh nghiệp cần chuẩn bị hồ sơ kế toán, báo cáo thuế và chứng từ liên quan.
Tiến hành kiểm tra tại trụ sở: Đoàn kiểm tra làm việc trực tiếp tại doanh nghiệp, rà soát số liệu kê khai, chứng từ kế toán và so sánh với thực tế.
Lập biên bản kiểm tra: Sau khi kiểm tra, đoàn công tác lập biên bản ghi rõ các phát hiện, sai sót (nếu có), số tiền truy thu hoặc mức xử phạt đề xuất.
Thông báo và thực hiện kết luận: Cơ quan thuế sẽ gửi thông báo kết luận và yêu cầu doanh nghiệp thực hiện nghĩa vụ tài chính tương ứng. Nếu không đồng ý, doanh nghiệp có quyền giải trình hoặc khiếu nại theo quy định.
Điểm mới trong năm 2025 là cơ quan thuế sẽ tăng cường sử dụng dữ liệu điện tử từ các nền tảng quản lý hóa đơn, ngân hàng và báo cáo tài chính trực tuyến để đối chiếu, phân tích, giúp quá trình kiểm tra minh bạch và chính xác hơn. Doanh nghiệp cần đảm bảo rằng toàn bộ dữ liệu nội bộ cũng được đồng bộ và chuẩn hóa để tránh chênh lệch.
.jpg)
Trong một số trường hợp, doanh nghiệp bị tạm ngưng mã số thuế do vi phạm nghĩa vụ thuế hoặc không hoạt động đúng theo đăng ký kinh doanh. Khi đó, để được hoạt động trở lại, doanh nghiệp phải thực hiện quy trình khôi phục mã số thuế theo quy định của cơ quan thuế.
Quá trình này thường bao gồm:
Nộp hồ sơ đề nghị khôi phục mã số thuế
Bổ sung các báo cáo thuế còn thiếu
Nộp đầy đủ các khoản thuế còn nợ hoặc bị truy thu
Cam kết tiếp tục hoạt động theo đúng quy định
Việc bị kiểm tra thuế và phát hiện vi phạm nghiêm trọng có thể dẫn đến việc mã số thuế bị đóng tạm thời. Do đó, việc chủ động rà soát định kỳ và tuân thủ đúng quy định là yếu tố sống còn giúp doanh nghiệp duy trì mã số thuế ổn định và tránh ảnh hưởng đến hoạt động kinh doanh.
Để chủ động ứng phó khi nằm trong danh sách kiểm tra, doanh nghiệp nên thực hiện:
Định kỳ kiểm tra nội bộ về hồ sơ thuế, hóa đơn, báo cáo tài chính
Hạn chế tối đa việc kê khai sai, thiếu chứng từ gốc
Sử dụng phần mềm kế toán chuyên nghiệp để đảm bảo dữ liệu được lưu trữ chính xác, đầy đủ
Đào tạo nhân sự kế toán về các điểm mới trong Luật Thuế năm 2025
Đây là cổng thông tin hỗ trợ nộp tờ khai, tra cứu thông báo, tra cứu hóa đơn và tra cứu mã số thuế toàn quốc.
Kiểm tra thuế là một phần tất yếu trong hoạt động quản lý doanh nghiệp. Thay vì lo ngại, doanh nghiệp nên xem đây là cơ hội để rà soát, chuẩn hóa lại hệ thống kế toán, thuế và quản trị nội bộ. Việc hiểu rõ quy trình kiểm tra thuế, chuẩn bị hồ sơ bài bản và vận hành minh bạch sẽ giúp doanh nghiệp hạn chế rủi ro, nâng cao uy tín và duy trì sự ổn định lâu dài.
Để hỗ trợ doanh nghiệp ghi chép, lưu trữ và lập báo cáo thuế chính xác, bạn có thể sử dụng trang website: https://crystalbooks.vn/ – phần mềm kế toán chuyên biệt, giúp tự động hóa các nghiệp vụ kế toán, lập tờ khai điện tử và cảnh báo các mốc thời gian quan trọng trong kiểm tra thuế, phù hợp với mọi quy mô doanh nghiệp tại Việt Nam.